La mora judicial en materia penal se originó en la ineficacia del Sistema de Justicia Penal en dar una respuesta efectiva a cada uno de los procesos, debido a la excesiva carga procesal confabulada con la lentitud del sistema escrito que imposibilitaron dar el debido seguimiento a todas las causas que fueron puestas a conocimiento del Juez Instructor, propio del sistema anterior predominantemente inquisitivo.
Como consecuencia y con anterioridad a la entrada en vigencia del nuevo Código Procesal Penal, a inicios del año 2001 se crea el Programa Nacional de Depuración de Causas Penales como piloto dentro de las actividades desarrolladas por la Agencia DPK Consulting con fondos de la Agencia de los Estados Unidos para el Desarrollo Internacional (USAID). Su objetivo era viabilizar la reducción o eliminación de la mora procesal existente en el Poder Judicial sobre aquellas causas reguladas bajo el Código de Procedimientos Penales de 1984, en especial aquéllas que se encontraban en los archivos judiciales sin actividad.
No obstante esa inactividad, estas causas requerían de una debida finalización legal que a su vez garantizara una necesaria seguridad jurídica, para lo cual se propusieron modificaciones legales que la permitieran sin causar ni impunidad ni la abierta vulneración de Derechos fundamentales.
Así y de forma paralela al Código Procesal Penal, entra también en vigencia el 20 de febrero de 2002 la Ley Especial de Transición y Seguimiento Interinstitucional del Sistema Penal, cuyo cuerpo normativo crea formalmente el Programa Nacional de Depuración de Causas Penales, como una instancia judicial especializada para llevar a cabo el proceso de depuración de causas y dar fin legal a los miles de expedientes inconclusos, mediante la emisión de sobreseimientos minuciosamente fundamentados que establezcan los elementos de convicción sobre cuya base el Juez de Letras haya determinado la ausencia de los presupuestos que impiden la continuación del proceso incoado contra determinada persona.
El Programa está conformado por dos dependencias de carácter jurisdiccional: La Unidad de Causas Activas y La Unidad de Causas Inactivas; y dos más de apoyo judicial de carácter no jurisdiccional: Los Archivos Judiciales y La Oficina de Atención al Público. Para el desarrollo de sus actividades cuenta con una (1) Jueza Coordinadora, tres (3) Jueces de Letras, un (1) Secretario, diez (10) Depuradores, un (1) Receptor, un (1) Archivero y un (1) Administrador de Fianzas. Asimismo, se le han asignado Defensores Públicos y Fiscales permanentes, quienes ejercen sus funciones de conformidad con los objetivos y fines que persigue el Programa.
Una vez firme la sentencia absolutoria o sobreseimiento de una causa, el Programa también se encarga de atender las solicitudes de devolución de las garantías depositarias rendidas en juicio y, en el caso de garantías hipotecarias, ordenar de oficio o a petición de parte la cancelación del gravamen.